Díaz fue designado Director del Instituto de Segunda Enseñanza de Matanzas desde su reapertura en 1883. Este colegio había suspendido las actividades a causa de la Guerra de los Diez Años en 1868 y tras la clausura oficial en 1871, demoró 12 años para reabrir las aulas. Díaz comenzó como director en 1885 y allí contó con un excelente claustro que integraban profesores matanceros reconocidos, entre los que se encontraban Mateo Fiol, Agustín Penichet y Hernández, y Octavio Giberga, entre otros.

Díaz promovió la reapertura de la Biblioteca de Matanzas. La idea era ubicar a la Biblioteca dentro del Instituto que dirigía. El 14 de diciembre de 1898 el Gobierno aprobó la reapertura de la Biblioteca, adjunta al Instituto. Contó con más de 2,000 libros y su primer bibliotecario fue Carlos Trelles. En menos de un año se superaron los más de 10,000 ejemplares, en parte, gracias a la gestión de Eduardo Díaz, quien obtuvo donaciones de diferentes personalidades dentro y fuera de Cuba. La Biblioteca formó parte del Instituto hasta 1920.

En 1900 participó en el Curso de Verano de la Universidad de Harvard en los Estados Unidos.
A partir de esta provechosa experiencia logró realizar algunos cambios en el Instituto de Segunda Enseñanza de Matanzas. Bajo su dirección se añadieron clases de Sloyd y Kindergarten, algo que constituyó toda una novedad.

Tras 19 años a cargo de la dirección del Instituto matancero, Díaz fue sustituido el 11 de abril de 1904. Su lugar lo ocupó el Doctor Domingo Russinyol Molins. Díaz consagró gran parte de su vida a la dirección del Instituto, además de ser profesor e impartir asignaturas como Inglés, Historia Natural, Anatomía, Higiene y Fisiología.

Falleció el 23 de octubre de 1911 en La Habana.

Bibliografía:

1. Cubanos y peninsulares: El Correo de España, 24 de mayo de 1896.

2. Cultura cubana. La provincia de Matanzas y su evolución, Imprenta Seoane y Fernández, Compostela, 121, Habana, 1919.

3. War Department for the Fiscal Year Ended June 30, 1900: Report of the military governor of Cuba on civil affairs, Government Printing Office, Washington, 1901.